文明に行き詰まりを感じた未来の地球。そこでは人類は自然環境を回復させるため、砂漠やツンドラ地帯に巨大都市国家(ドームポリス)を建設して生活していた。だが長い年月を経るうち、そこを脱出しようと試みる「エクソダス」という活動が起こり、管理する側との摩擦が起きていた。
シベリアにあるドームポリス・ウルグスクに住むゲイナー・サンガは、オーバーマンゲームチャンプの高校生。エクソダス請負人のゲイン・ビジョウと出会い、本物のオーバーマン、キングゲイナーに乗り込んでエクソダスの手伝いをすることになってしまう。エクソダスを阻止しようとするシベリア鉄道警備隊やドームポリスを管理するロンドン・イマの様々なオーバーマンの追撃をゲイナーのキングゲイナーとゲインの活躍で振り払いつつ、一行は東を目指して旅を続ける。ゲイナーは、友人や仲間たちとともに海の向こうの豊穣の土地”ヤーパン”を目指すのだった。