シベリアにあるドームポリス・ウルグスクに住むゲイナー・サンガは、ゲーム好きの高校生。ある日、突然身に覚えのないエクソダスの疑いをかけられて投獄されたゲイナーは、同じように投獄されたゲイン・ビジョウと出会い、共に脱走することになる。ゲインはなんと、このドームポリスの住人たちを脱出させる仕事を受けたエクソダス請負人だった。
ゲインはウルグスクを統治するメダイユ公の屋敷で、保管されていた古いオーバーマンを起動させるとゲイナーに操縦させ、エクソダス成功までの人質としてメダイユ公の娘・アナ姫を連れ去ってしまう。急襲するシベリア鉄道警備隊のシルエットマシンに対し、キングゲイナーと名付けたオーバーマンで戦ってしまうゲイナー。知らぬ間にエクソダスの手助けをしてしまうのだった。
今回のエクソダスは、都市の指導者であった「五賢人」と呼ばれる老人らをリーダーに据え、ドームポリスの居住区を分離して牽引しながら「ヤーパン」を目指すという大規模なものだった。
ドームポリス間の補給経路を盾に圧政を強いるシベリア鉄道としては、エクソダス派の助長を防ぐためにも、この大規模エクソダスを何としてでもやめさせなければならない。シベリア鉄道警備隊の警備隊長ヤッサバ・ジンはオーバーマン・ラッシュロッドで追撃を開始する。強敵の出現に出撃を迫られたゲイナーは、ゲインに借りを返したらエクソダス一行から出て行くことを宣言し、再度戦場に飛びだすのだった。
ウルグスクからエクソダスし、ヤーパンを目指す一行は「ヤーパンの天井」と呼ばれるようになっていた。シベリア鉄道警備隊のアデット・キスラーは、誘拐されたアナ姫を取り戻すため、密かにヤーパンの天井に侵入してゲインに接触する。一方ゲイナーは、クラスメイトであり、ガウリ隊にも参加するサラとエクソダスについて仲違いしてしまう。そこにオーバーマン・ラッシュロッドで再び急襲するヤッサバ。出撃したゲイナーは、ヤッサバの巧妙なワナと、時を止めるラッシュロッドのオーバースキル(特殊能力)によって、苦戦を強いられる。
「ヤーパンの天井」では、居住区の人々のストレス解消のために、ゲインが賭け格闘技「クラチ」を開催する。そのころヤッサバは、アデットに男としていいところを見せようと意気込み、三度ラッシュロッドで出撃。広範囲の時間停止を行うことができる〝ストップコート〟を装備し、パワーアップしたオーバースキルでヤーパンの天井の先頭にあたる居住区ユニットを時間停止させてしまう。失われた信用回復のため、キングゲイナーに決死の攻撃を仕掛けるヤッサバに、ゲイナーは再び圧倒されるが…。
捕虜となったヤッサバは、食事を運んできたゲイナーの隙を狙って脱走。ヤーパンの天井の中を逃げ回り、辻占いの少女エイファ・ユースにかくまわれる。その後、キングゲイナーに見つかり追いつめられるが、部下のケジナン・ダッドが、消えるオーバースキルを持つブラックメールでヤッサバを助ける。しかし、ケジナンの狙いはヤッサバの死体を持ち帰り、自分がシベリア鉄道警備隊長になることだった。それを知ったヤッサバはブラックメールを奪取して、親がいなくて養い親に虐げられていたエイファとともにインドを目指すため、ヤーパンの天井に戻る。
エクソダスを続ける「ヤーパンの天井」のもとに、中央政府ロンドン・イマから「ゲインを引き渡せ」と、オーバーマン・パワーゴレームが現れる。問答無用に、怪力のオーバースキルで住居ユニットを放り投げられたヤーパンの天井は大混乱に陥る。現状打破のため、ゲインはゲイナーを連れ、セント・レーガンの集結地を襲う。だがそれは、セント・レーガンの特務大尉であるアスハム・ブーンがゲインと接触するための策略だった。ゲインとアスハムが対峙する中、ゲイナーはアスハムの部下ザッキ・ブロンコが操縦するオーバーマン、パワーゴレームを倒すため、オーバースキルを発動する。
